Le conseil d'administration de l'office comprend quarante-trois membres répartis en cinq collèges composés comme suit :

1° Premier collège :

a) Huit représentants de l'Etat :

-deux représentants des ministres chargés de l'environnement et de l'agriculture dont le commissaire du Gouvernement ;

-un représentant du ministre chargé de la mer ;

-un représentant du ministre chargé du budget ;

-un représentant du ministre chargé de l'intérieur ;

-un représentant du ministre chargé de la recherche ;

-un représentant du ministre chargé de l'outre-mer ;

- l'administrateur supérieur des terres australes et antarctiques françaises ou son représentant ;

b) Cinq représentants d'établissements publics nationaux œuvrant dans le champ des compétences de l'établissement ;

c) Trois personnalités qualifiées en raison de leur compétence dans le domaine de la protection de la biodiversité terrestre, marine ou de la ressource en eau et des milieux aquatiques ;

2° Deuxième collège :

a) Trois représentants d'organisations professionnelles agricoles et forestières ;

b) Deux représentants des autres secteurs économiques concernés ;

c) Trois représentants d'associations agréées de protection de l'environnement ;

d) Deux représentants d'organismes gérant des espaces naturels ;

e) Quatre représentants des instances cynégétiques et des instances de la pêche de loisir ;

3° Troisième collège :

a) Deux représentants des comités de bassin ;

b) Trois représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements, dont au moins un représentant d'une collectivité d'outre-mer ;

4° Quatrième collège :

Quatre représentants titulaires et quatre représentants suppléants, élus du personnel de l'établissement ;

5° Cinquième collège :

Quatre parlementaires ainsi que leurs suppléants, mentionnés à l'article L. 131-10.

A l'exception des parlementaires et des représentants du personnel, les membres du conseil d'administration sont nommés, dans le respect des règles fixées aux dixième et onzième alinéas de l'article L. 131-10, par un arrêté conjoint des ministres chargés de l'environnement et de l'agriculture et, en ce qui concerne les représentants de l'Etat mentionnés au a du 1°, sur proposition du ministre dont ils relèvent.

Un arrêté des ministres chargés de l'environnement et de l'agriculture fixe les modalités d'élection, de suppléance et de remplacement des représentants du personnel.