Les quatre premières commissions spécialisées formées au sein du Conseil d'orientation des conditions de travail sont les suivantes :

1° Une commission spécialisée relative aux questions transversales, aux acteurs de la prévention en entreprise, aux études et à la recherche. Elle est notamment compétente sur les services de prévention et de santé au travail et les médecins du travail, les membres de l'équipe pluridisciplinaire et sur les comités sociaux et économiques. Elle est compétente sur la promotion et la diffusion de la culture de prévention, la formation, les risques relatifs à l'organisation du travail, les études, la recherche et les interventions des agences publiques dans ces domaines, notamment celles de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail et de l'Agence nationale pour l'amélioration des conditions de travail. Elle est également compétente sur les missions, l'organisation et le fonctionnement du Conseil d'orientation des conditions de travail et des comités régionaux d'orientation des conditions de travail. Elle est enfin compétente sur les aspects transversaux et les orientations de la politique européenne et internationale ;

2° Une commission spécialisée relative à la prévention des risques physiques, chimiques et biologiques pour la santé au travail ;

3° Une commission spécialisée relative à la prévention des risques liés à la conception et à l'utilisation des équipements de travail, des équipements de protection individuelle et des locaux et lieux de travail temporaires ;

4° Une commission spécialisée relative aux pathologies professionnelles. Elle est notamment compétente sur les questions relatives à la connaissance de l'origine professionnelle des pathologies, aux maladies professionnelles et à l'articulation entre la réparation et la prévention des pathologies professionnelles.