La commission élit son président et son vice-président parmi les praticiens qui en sont membres titulaires.
Lorsqu'un hôpital des armées est associé au groupement, les praticiens des armées qui participent à la commission médicale de groupement ne peuvent pas être élus président de la commission.
Le vote a lieu au scrutin uninominal secret et à la majorité absolue. Si cette majorité n'est pas atteinte aux deux premiers tours, un troisième tour est organisé. La majorité relative suffit au troisième tour. En cas d'égalité entre les candidats ayant obtenu le plus grand nombre de voix, le plus âgé d'entre eux est déclaré élu.
Conformément à l'article 7 du décret n° 2021-675 du 27 mai 2021, ces dispositions entrent en vigueur le 1er janvier 2022.