L'instruction de la demande de décision favorable prévue à l'article D. 331-3 est assurée par les services déconcentrés de l'Etat chargés du logement au vu d'un dossier joint à la demande et dont la composition est fixée par un arrêté conjoint des ministres chargés du logement et des finances. Ce dossier peut être fourni sous forme dématérialisée dans les conditions et par le système national d'information prévus à l'article D. 331-113. La décision favorable est prise par le représentant de l'Etat dans le département et notifiée au demandeur.

Lorsqu'une réponse du représentant de l'Etat dans le département n'est pas intervenue dans un délai maximum de quatre mois à compter de la date de la demande de décision favorable, cette demande est réputée rejetée.

L'autorisation spécifique mentionnée au troisième alinéa du III de l'article L. 441-2 visant les opérations de logements construits ou aménagés spécifiquement pour l'usage des personnes en perte d'autonomie liée à l'âge ou au handicap est intégrée à la décision favorable prise en application de l'article D. 331-3.

L'autorisation spécifique mentionnée au cinquième alinéa du III de l'article L. 441-2 visant les opérations de logements construits ou aménagés spécifiquement pour l'usage des jeunes de moins de trente ans est intégrée à la décision favorable prise en application de l'article D. 331-3.

L'autorisation spécifique mentionnée au deuxième alinéa de l'article L. 631-12 visant les opérations de logements construits ou aménagés spécifiquement pour l'usage des étudiants, des personnes de moins de trente ans en formation ou en stage, des personnes titulaires d'un contrat de professionnalisation ou d'apprentissage et, à titre exceptionnel, des enseignants et des chercheurs est intégrée à la décision favorable prise en application de l'article D. 331-3.

Les pièces à fournir en vue de la délivrance des autorisations mentionnées aux troisième, quatrième et cinquième alinéas sont énumérées dans l'arrêté mentionné au premier alinéa et jointes au dossier qui y est également mentionné.

La décision favorable ne peut être prise qu'après la passation, par le demandeur, d'une convention prévue au 3° de l'article L. 351-2. Toutefois, pour les opérations financées dans les conditions de l'article D. 331-14 et éligibles aux subventions prévues aux 2° et 3° de l'article R. 331-15, la signature de la convention peut intervenir, au plus tard, lors du versement du premier acompte prévu à l'article D. 331-16, ou à défaut de versement de subvention, et obligatoirement avant la mise en location.

Pour les opérations de construction ou d'acquisition, le nombre de logements pouvant faire l'objet de décisions favorables du préfet ne peut excéder la limite qui lui a été notifiée par le ministre chargé du logement.

La décision favorable ne peut faire l'objet d'un changement de bénéficiaire, sauf en cas de fusion ou de scission d'organismes ou d'opérations de réorganisation juridique au sein d'un même groupe au sens de l'article L. 423-1-1 et après accord du représentant de l'Etat dans le département.