L'Office français de la biodiversité est administré par un conseil d'administration qui comprend :

1° Un premier collège constitué par des représentants de l'Etat, des représentants d'établissements publics nationaux œuvrant dans le champ des compétences de l'office et des personnalités qualifiées ;

2° Un deuxième collège comprenant des représentants des secteurs économiques concernés, des représentants d'organisations professionnelles agricoles et forestières, d'associations agréées de protection de l'environnement, de gestionnaires d'espaces naturels, des instances cynégétiques et des instances de la pêche de loisir ;

3° Un troisième collège comprenant des représentants des comités de bassin ainsi que des collectivités territoriales et de leurs groupements ;

4° Un quatrième collège composé des représentants élus du personnel de l'office ;

5° Un cinquième collège composé de deux députés dont un élu dans une circonscription ultramarine et de deux sénateurs dont un élu dans une circonscription ultramarine.

Tout parlementaire membre du conseil d'administration de l'Office français de la biodiversité, désigné en raison de son mandat électif, peut être suppléé par un autre parlementaire issu de la même assemblée délibérante.

Les ministres chargés de l'environnement et de l'agriculture désignent un commissaire du Gouvernement, qui appartient au premier collège. Un décret précise les conditions dans lesquelles ce commissaire du Gouvernement peut demander l'inscription d'un point à l'ordre du jour du conseil d'administration, provoquer la convocation d'un conseil d'administration extraordinaire ou s'opposer à une décision du conseil d'administration et solliciter une nouvelle délibération.

Les représentants de la Fédération nationale des chasseurs, des fédérations départementales des chasseurs et de la Fédération nationale de la pêche et de la protection du milieu aquatique représentent 10 % des membres du conseil d'administration. Ce nombre de représentants fait l'objet d'une troncature à l'unité.

Le conseil d'administration est composé de manière à comprendre au moins un représentant de chacun des cinq bassins écosystémiques ultramarins.

Il est composé de manière à ce que l'écart entre le nombre d'hommes, d'une part, et le nombre de femmes, d'autre part, ne soit pas supérieur à un. Lorsqu'un organisme est appelé à désigner plus d'un membre du conseil, il procède à ces désignations de telle sorte que l'écart entre le nombre des hommes désignés, d'une part, et le nombre des femmes désignées, d'autre part, ne soit pas supérieur à un. La même règle s'applique à la désignation des personnalités qualifiées du premier collège.

Le président du conseil d'administration est élu au sein du conseil d'administration par ses membres.