Le comité se réunit sur convocation de ses présidents, en tant que de besoin, et au moins une fois par an. Les présidents fixent l'ordre du jour. Le comité peut également être réuni à la demande de plus de la moitié de ses membres et émettre, de sa propre initiative, des propositions ou des recommandations.

Le comité peut, sur décision de ses présidents, entendre toute personne extérieure dont l'audition est de nature à éclairer ses délibérations. Les personnes ainsi entendues ne participent pas au vote.

Les membres du comité ne peuvent prendre part aux délibérations lorsqu'ils ont un intérêt personnel à l'affaire qui en est l'objet.

Le comité établit un règlement intérieur fixant notamment le quorum nécessaire à toute décision, la possibilité pour les membres de donner mandat à un autre membre du comité, ainsi que le contenu du procès-verbal des réunions du comité. Le règlement intérieur peut également prévoir les modalités de délibération à distance et de vote par voie électronique dans les conditions prévues à l'article R. 133-7 du code des relations entre le public et l'administration.

Le président du conseil régional et le préfet de région assurent le secrétariat du comité. Sauf urgence, les membres de la commission reçoivent, cinq jours au moins avant la date de la réunion, une convocation comportant l'ordre du jour et, le cas échéant, les documents nécessaires à l'examen des affaires qui y sont inscrites.