Le président du conseil supérieur arrête le règlement intérieur, établi sur la base d'un projet élaboré par le ministre chargé de la santé, après avoir recueilli l'avis du conseil siégeant en assemblée plénière.
Ce règlement précise notamment les attributions et les règles de fonctionnement des formations spécialisées ainsi que les règles de dépôt, de modification et de vote des amendements aux projets de textes mentionnés à l'article R. 6156-32.