Les unions établissent annuellement un budget prévisionnel de leurs opérations de recettes et de dépenses.

Une fraction du budget annuel de l'union est dédiée à la mise en œuvre du programme de travail annuel. Cette fraction est déterminée par l'assemblée de l'union et ne peut pas être inférieure à 30 % et supérieure à 80 % du budget annuel de l'union.

Au sein de l'union régionale regroupant les médecins, une fraction du budget annuel de l'union est mise à la disposition de chacun des collèges pour la mise en œuvre de leur programme de travail propre. Cette fraction est déterminée par l'assemblée de l'union après avis de chaque collège. Cette fraction ne peut être inférieure à 25 % et supérieure à 50 % du budget annuel de l'union. Au sein de cette fraction, chaque collège dispose d'une part proportionnelle au nombre de membres de l'assemblée de l'union qui en sont issus. Lorsqu'un collège n'a pas défini de programme de travail propre, la part qui lui est attribuée est réaffectée au budget de l'union.

L'utilisation de la fraction du budget annuel dédiée à la mise en œuvre du programme de travail fait l'objet d'une présentation dans le cadre du rapport d'activité mentionné à l'article R. 4031-10.

Le président de l'union ordonnance les dépenses, y compris pour la fraction mise à la disposition des collèges.

Les unions régionales ne peuvent pas financer des opérations étrangères à leur mission.