Pour assurer leurs missions, les centres de ressources autisme disposent, outre d'un directeur et d'un personnel administratif, d'une équipe pluridisciplinaire et pluri-professionnelle exerçant à temps plein ou à temps partiel.

Les personnels de l'équipe pluridisciplinaire et pluri-professionnelle peuvent être soit salariés du centre ou d'une structure à laquelle il est rattaché ou avec lequel il a passé convention ou appartenant au même groupement, soit exercer à titre libéral lorsqu'ils sont habilités à pratiquer ce mode d'exercice. Dans ce dernier cas, ils concluent avec les centres de ressources autisme une convention précisant notamment leur engagement à respecter le règlement de fonctionnement et le projet de service, ainsi que les modalités de leur intervention.