Le secrétariat du conseil du Fonds de péréquation de l'électricité assure la gestion comptable et financière du fonds et tient la comptabilité des opérations de recouvrement et de reversement qu'il effectue.
La société EDF assure le secrétariat du conseil du fonds et la tenue du compte spécifique en retraçant les opérations. Les frais de gestion du fonds sont imputés à ce compte spécifique.
Le fonds de péréquation de l'électricité est soumis au contrôle de la Cour des comptes.