Le directeur général de l'établissement est nommé par arrêté conjoint des ministres de tutelle, après avis du préfet de la région d'Ile-de-France et du président du conseil d'administration, pour une durée de cinq ans renouvelable. Il peut être mis fin à ses fonctions dans les mêmes formes avant l'expiration de son mandat.

Ses compétences et les modalités de leur exercice sont celles précisées aux articles R. * 321-9 et R. * 321-10 du code de l'urbanisme.