La Commission nationale de la coopération décentralisée constitue en son sein une commission permanente composée du vice-président, de l'un des représentants des régions et de la collectivité territoriale de Corse, de l'un des représentants des départements, de l'un des représentants des communes, du représentant de Cités unies France, du représentant de l'Association française du conseil des communes et régions d'Europe, ainsi que de l'un des représentants du ministre des affaires étrangères, du représentant du ministre de l'intérieur, du représentant du ministre chargé de la décentralisation, du représentant du ministre chargé du développement et du représentant de l'Agence française de développement.

La commission permanente est présidée par le ministre des affaires étrangères ou son représentant. Elle fixe le programme de travail de la commission.