L'année de recherche, prévue à l'article 12 du décret n° 2004-67 du 16 janvier 2004 relatif à l'organisation du troisième cycle des études médicales, à l'article 13 du décret n° 2012-172 du 3 février 2012 relatif au troisième cycle spécialisé des études pharmaceutiques et à l'article 13 du décret n° 2011-22 du 5 janvier 2011 relatif à l'organisation du troisième cycle long des études odontologiques, ne peut être réalisée que lorsqu'un contrat d'année de recherche a été conclu entre l'étudiant intéressé, le directeur général de l'agence régionale de santé et le directeur du centre hospitalier universitaire de rattachement. Un arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la recherche et de la santé fixe les modalités de déroulement de l'année de recherche ainsi que les clauses types du contrat.

L'étudiant perçoit une rémunération égale à la moyenne des émoluments de deuxième et troisième années d'internat prévus au 1° de l'article R. 6153-10. Le centre hospitalier universitaire de rattachement assure la rémunération de l'étudiant. Il est remboursé par l'Etat au vu des justificatifs nécessaires.