Indépendamment des attributions qu'il tient du titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, le conseil d'administration délibère sur les orientations de l'activité de l'agence.

Il arrête, sur proposition du directeur, l'organisation intérieure de l'Agence ainsi que le règlement intérieur.

Il donne un avis sur toute question qui lui est soumise par le président du conseil d'administration ou par le ministre chargé du travail et, le cas échéant, par d'autres ministres.