La création d'une unité d'enseignement est prévue dans le cadre d'une convention signée entre les représentants de l'organisme gestionnaire et l'Etat représenté conjointement par le préfet de département et le directeur académique des services de l'éducation nationale agissant sur délégation du recteur d'académie.
Cette unité met en oeuvre tout dispositif d'enseignement concourant à la réalisation du projet personnalisé de scolarisation, au service du parcours de formation de l'élève. Le projet pédagogique de l'unité d'enseignement constitue un volet du projet de l'établissement. La convention précise notamment les caractéristiques de la population de jeunes accueillis, l'organisation de l'unité d'enseignement, le nombre et la qualification des enseignants qui y exercent, les modalités de coopération avec les écoles ou les établissements scolaires mentionnés au premier alinéa de l'article L. 351-1, le rôle du directeur et du responsable pédagogique ainsi que les locaux scolaires.
Dans le cadre de cette convention, le directeur de l'établissement ou du service médico-social est responsable de la mise en œuvre des modalités de fonctionnement de l'unité d'enseignement.
Lorsque l'unité est organisée pour tout ou partie dans un établissement scolaire, cette mise en œuvre est menée conjointement avec les responsables des établissements scolaires concernés, qui agissent par délégation du directeur académique des services de l'éducation nationale agissant sur délégation du recteur d'académie ou du directeur régional de l'agriculture et de la pêche.
L'unité d'enseignement est organisée selon les modalités suivantes :
1° Soit dans les locaux d'un établissement scolaire ;
2° Soit dans les locaux d'un établissement ou d'un service médico-social ;
3° Soit dans les locaux des deux établissements ou services.