Les deux maisons d'éducation sont placées sous l'autorité unique d'une surintendante, en résidence à Saint-Denis, qui assure l'unité de l'éducation et de l'enseignement donnés aux élèves et celle de l'administration des établissements.
Elle dirige personnellement la maison de Saint-Denis.
La maison d'éducation des Loges est dirigée, sous l'autorité de la surintendante, par une intendante générale.
La surintendante relève de l'autorité du secrétaire général de la grande chancellerie et directement de celle du grand chancelier pour les matières que ce dernier s'est réservées.