La commission élit son président et son vice-président parmi les praticiens titulaires.
Pour les centres hospitaliers universitaires, le président est élu parmi les représentants des personnels enseignants et hospitaliers et le vice-président parmi les représentants des praticiens de l'établissement.
Le vote a lieu au scrutin uninominal secret et à la majorité absolue. Si cette majorité n'est pas atteinte aux deux premiers tours, un troisième tour est organisé. La majorité relative suffit au troisième tour. En cas d'égalité entre les candidats ayant obtenu le plus grand nombre de voix, le plus âgé d'entre eux est déclaré élu.
Les fonctions de président de la commission médicale d'établissement sont de quatre ans. Le mandat est renouvelable une seule fois.