Les comptes du haut conseil sont établis selon les règles du plan comptable général. Celui-ci peut faire l'objet d'adaptations proposées par le secrétaire général après avis du haut conseil et approuvées par le ministre chargé du budget et par le garde des sceaux, ministre de la justice.
L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice, le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations effectives et, le cas échéant, la balance des comptes spéciaux.
Le compte financier du haut conseil est préparé par l'agent comptable et soumis par le secrétaire général au haut conseil qui entend l'agent comptable. Le compte financier arrêté par le haut conseil est transmis à la Cour des comptes par le secrétaire général du haut conseil, accompagné des délibérations du haut conseil relatives au budget, à ses modifications et au compte financier, et de tous les autres documents demandés par les ministres ou par la cour, dans les quatre mois qui suivent la clôture de l'exercice.
Le rapport annuel fait une présentation du compte financier et reproduit le compte de résultat et le bilan.