Le médecin du travail est lié par un contrat passé avec l'employeur ou le président du service de santé au travail interentreprises. Ce contrat de travail est conclu dans les conditions prévues par le code de déontologie médicale.

Le médecin du travail agit, dans le cadre de l'entreprise, dans l'intérêt exclusif de la santé et de la sécurité des travailleurs dont il assure la surveillance médicale. Son indépendance est garantie dans l'ensemble des missions définies à l'article L. 241-2.