L'habilitation peut être retirée par arrêté du ministre chargé de la formation professionnelle lorsque les dispositions législatives et réglementaires applicables aux fonds d'assurance-formation, ou les conditions particulières prévues par la décision d'habilitation, ne sont pas respectées.

L'habilitation est également retirée dans le cas cas où le montant de la collecte annuelle n'atteint pas, pendant deux années consécutives, le seuil prévu au troisième alinéa de l'article R. 953-3.

Dans tous les cas, la décision de retrait ne peut intervenir sans que l'organisme gestionnaire ait été préalablement informé et invité à s'expliquer.