Durant leur période de fonctions hospitalières, les candidats à l'autorisation ministérielle d'exercice sont régis par les dispositions des articles R. 6152-504, à l'exception du premier alinéa, de la deuxième phrase du quatrième alinéa et du dernier alinéa, R. 6152-509, R. 6152-514, à l'exception des 4°, 5°, 6° et du dernier alinéa, R. 6152-519, à l'exception du 2°, du cinquième et du dernier alinéa, R. 6152-520, du premier alinéa de l'article R. 6152-521, des articles R. 6152-524 à R. 6152-526 et de l'article R. 6152-529.

Lorsqu'à l'expiration des périodes de congés, accordées en application des articles R. 6152-521 et R. 6152-524, durant lesquelles tout ou partie de leur rémunération leur a été maintenue, les candidats à l'autorisation ministérielle d'exercice ne sont pas reconnus aptes à la reprise de leurs fonctions par le comité médical, ils sont placés en congé non rémunéré jusqu'à ce qu'ils soient déclarés aptes à reprendre leurs fonctions. La durée du contrat conclu conformément à l'article R. 6152-543 peut être prorogée afin de permettre aux candidats à l'autorisation ministérielle d'exercice d'achever leur période de fonctions hospitalières. En cas d'inaptitude définitive constatée par le comité médical, il est mis fin aux fonctions des intéressés par le directeur de l'établissement public de santé. Ce dernier transmet cette décision au ministre chargé de la santé.