A la clôture de l'exercice, le directeur et le comptable préparent conjointement le compte financier. Celui-ci est établi par le comptable en fonction et transmis à l'ordonnateur au plus tard le 30 avril de l'exercice suivant celui auquel il se rapporte.

Il est visé par le directeur de l'établissement qui certifie que le montant des titres de recettes et des mandats est conforme à ses écritures.

Le compte financier retrace l'exécution de l'état des prévisions de recettes et de dépenses. Il récapitule les opérations de dépenses et de recettes et comporte le rappel des prévisions de dépenses et de recettes inscrites au dernier état des prévisions de recettes et de dépenses rendu exécutoire. Il fait notamment apparaître le résultat comptable de chacun des comptes de résultat ainsi que le résultat consolidé. Il comporte un bilan, un tableau de calcul de la capacité d'autofinancement et un tableau de financement permettant de déterminer la variation du fonds de roulement.

Le compte financier retrace également la situation patrimoniale et financière de l'établissement. Il comprend la balance des comptes des valeurs inactives.

Le compte financier comporte une annexe définie, par arrêté des ministres chargés de la santé, de la sécurité sociale et du budget par référence au plan comptable général. Elle est établie conjointement par l'ordonnateur et le comptable.