L'ordonnateur tient une comptabilité analytique qui couvre la totalité des activités et des moyens de l'établissement, selon une nomenclature fixée par arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale.

Le directeur élabore également, pour l'analyse de l'activité et des coûts de l'établissement prévue par les dispositions des articles L. 6113-7 et L. 6113-8, un tableau faisant apparaître, après répartition analytique des charges directes, le montant des crédits d'exploitation consacrés, pendant l'exercice, aux secteurs cliniques, médico-techniques et logistiques de l'établissement. Il transmet ce document au directeur de l'agence régionale de l'hospitalisation au plus tard le 31 mai de l'année suivant l'exercice clos. Le modèle de ce document et les modalités de calcul des éléments qui y figurent sont fixés par arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale.