Chaque centre est géré par un conseil d'administration composé de douze membres.

Font obligatoirement partie du conseil, le préfet, le directeur départemental de la Santé du département dans lequel le centre a son siège, le doyen ou le directeur et un professeur de la Faculté ou de l'Ecole de médecine dans le ressort desquels le centre a son siège, un délégué des caisses de sécurité sociale, un représentant de l'administration hospitalière avec laquelle le centre a passé contrat, le directeur du centre et deux membres du comité technique prévu à l'article L. 317 ci-dessus.

Les membres de droit énumérés au précédent alinéa désignent les trois autres membres à la majorité des voix. Les désignations ainsi faites sont soumises à l'agrément du ministre de la Santé publique et de la Population.

La présidence du conseil d'administration appartient au préfet, la vice-présidence au directeur départemental de la Santé.