Les programmes sont examinés par la commission instituée par l'article 22 du décret n° 2006-649 du 2 juin 2006. La commission est réunie à la diligence du directeur régional de l'industrie et de la recherche. Toutefois, le commissaire de la République peut inviter les membres de la commission à donner leur avis par écrit. La commission est obligatoirement réunie si un ou plusieurs de ses membres s'opposent à l'exécution de tout ou partie du programme des travaux présentés.