Afin de permettre à l'agence d'assurer, conformément aux dispositions du troisième alinéa de l'article L. 4413-2, la coordination des actions de la région avec celles de l'Etat et de ses établissements publics, il est créé un comité de coordination composé du préfet de région ou son représentant, du président du conseil d'administration de l'agence ou son représentant et du directeur de l'agence.

Ce comité se réunit à l'initiative du préfet de région ou du président du conseil d'administration de l'agence. Le préfet de région et le président du conseil d'administration peuvent se faire assister par les personnes de leur choix. Le secrétariat du comité de coordination est assuré par l'agence.