Le commandement du bataillon est exercé par un officier général du corps des officiers de marine.

Le commandant du bataillon dispose d'adjoints auxquels il peut déléguer sa signature dans la limite de leurs attributions respectives.

Le bataillon de marins-pompiers de Marseille est placé :

- pour emploi, sous l'autorité du maire de Marseille agissant dans le cadre de ses attributions en matière de secours et de défense contre l'incendie ;

- organiquement, sous l'autorité de l'officier général, commandant l'arrondissement maritime Méditerranée.

Ses effectifs sont fixés par le ministère de la défense sur demande délibérée en conseil municipal de la ville de Marseille.

Il intervient en dehors des limites territoriales définies par l'article R. 2513-5 sur décision du ministre de l'intérieur, du préfet de la zone de défense Sud ou du préfet des Bouches-du-Rhône.