Le Conseil national de l'alimentation dispose d'un secrétariat. Les secrétaires sont nommés par arrêté conjoint du ministre de l'agriculture, du ministre chargé de la santé et du ministre chargé de la consommation. Ils sont placés sous l'autorité conjointe de ces trois ministres et s'appuient, pour exercer leur mission, sur les services compétents des trois ministères.
Décret n° 2009-626 du 6 juin 2009 article 1 : Les dispositions réglementaires instituant les commissions administratives à caractère consultatif dont la liste est annexée au présent décret sont prorogées pour une durée de cinq ans. (Conseil national de l'alimentation).