Le président du Conseil national de l'alimentation est désigné par arrêté conjoint du ministre de l'agriculture, du ministre chargé de la santé et du ministre chargé de la consommation. Il est choisi parmi ceux des membres du Conseil national de l'alimentation qui sont désignés par arrêté conjoint du ministre de l'agriculture, du ministre chargé de la santé et du ministre chargé de la consommation. La durée du mandat du président est de trois ans renouvelables.
Le Conseil national de l'alimentation se réunit à la demande d'un ou plusieurs des trois ministres ou à la demande des deux tiers de ses membres sur convocation du président, qui arrête l'ordre du jour des séances.
Les propositions, faites par les deux tiers au moins des membres du conseil, sont inscrites de droit à l'ordre du jour.
Décret n° 2009-626 du 6 juin 2009 article 1 : Les dispositions réglementaires instituant les commissions administratives à caractère consultatif dont la liste est annexée au présent décret sont prorogées pour une durée de cinq ans. (Conseil national de l'alimentation).