Les membres de la commission paritaire d'établissement ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions dans cette commission. Ils ont toutefois droit au remboursement des frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.
Conformément à l’article 7 du décret n° 2026-330 du 28 avril 2026, ces dispositions, dans leur rédaction résultant dudit décret, entrent en vigueur en vue du prochain renouvellement général des instances représentatives du personnel de la fonction publique.