Le pouvoir disciplinaire est exercé par le ministre chargé de l'agriculture, à l'initiative ou après avis du chef d'établissement. Toutefois, le ministre chargé de l'agriculture peut, par arrêté, déléguer aux directeurs régionaux de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt ou, lorsqu'il s'agit de personnels en service en Guyane, en Guadeloupe, en Martinique, à La Réunion et à Mayotte, aux directeurs de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt, le pouvoir de prononcer les sanctions disciplinaires concernant les agents de deuxième et de quatrième catégorie et qui relèvent du premier groupe mentionné à l'article 42 ainsi que des 1° et 2° de l'article 43.

Les sanctions prévues aux articles 42 et 43 sont prononcées après avis motivé du conseil de discipline prévu à l'article 57 du présent décret. La décision doit être motivée. Toutefois, pour les sanctions du premier groupe de l'article 42 et des 1° et 2° de l'article 43, la saisine du conseil de discipline n'est pas obligatoire.

La procédure se déroule selon les règles fixées par le décret n° 84-961 du 25 octobre 1984 relatif à la procédure disciplinaire concernant les fonctionnaires de l'Etat.

Aucune procédure disciplinaire ne peut être engagée au-delà d'un délai de trois ans à compter du jour où l'administration a eu une connaissance effective de la réalité, de la nature et de l'ampleur des faits passibles de sanction.

En cas de poursuites pénales exercées à l'encontre de l'agent, ce délai est interrompu jusqu'à la décision définitive de classement sans suite, de non-lieu, d'acquittement, de relaxe ou de condamnation.

Passé ce délai et hormis le cas où une autre procédure disciplinaire a été engagée à l'encontre de l'agent avant l'expiration de ce délai, les faits en cause ne peuvent plus être invoqués dans le cadre d'une procédure disciplinaire.