Dans le cadre de l'intégration de la formation des masseurs-kinésithérapeutes au processus licence, master, doctorat, les instituts de formation en masso-kinésithérapie passent une convention avec une université disposant d'une composante santé et le conseil régional. Cette convention détermine les modalités de participation et les responsabilités des trois signataires.

Les instituts de formation s'engagent dans une démarche d'auto-évaluation du dispositif de la formation dont le bilan est présenté à l'instance compétente pour les orientations générales de l'institut.

La formation conduisant au diplôme d'Etat de masseur-kinésithérapeute fait l'objet d'une évaluation périodique par l'autorité indépendante en charge de l'évaluation auprès du ministère de l'enseignement supérieur.