La formation en milieu professionnel participe à l'acquisition des connaissances et compétences dans chacun des domaines identifiés au sein du référentiel de compétences en annexe II, au même titre que la formation théorique et pratique, et ne peut être dissociée de cette dernière.
Elle comprend 20 semaines de formation en milieu professionnel au sein des établissements de santé publics et privés, des hôpitaux d'instruction des armées et les autres structures du service de santé des armées et toute autre structure disposant d'une pharmacie à usage intérieur.
Les terrains de stage sont agréés par le directeur du centre de formation.
Chaque étudiant se voit attribuer un tuteur de stage. Celui-ci est un préparateur en pharmacie hospitalière. En absence de préparateur en pharmacie hospitalière dans la structure d'accueil, un cadre de santé ou un pharmacien praticien hospitalier peut être désigné tuteur.
L'étudiant renseigne le portfolio afin d'évaluer l'acquisition progressive de ses connaissances et compétences.
Une convention de stage est signée entre l'apprenant, l'organisme d'accueil et le centre de formation.