Université Côte d'Azur est placée sous la tutelle du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Le recteur de région académique Provence-Alpes-Côte d'Azur, chancelier des universités, exerce les compétences définies aux articles L. 711-8, L. 719-4, L. 719-5, L. 719-7, L. 719-8, L. 719-9, L. 719-13, L. 762-1 et L. 953-2 du même code et par les textes réglementaires pris pour leur application et, à ce titre, assure le contrôle administratif et budgétaire de l'établissement.