Les instances
Le président de la COMUE par ses décisions, le conseil d'administration par ses délibérations et le directoire, le sénat académique et le parlement étudiant par leurs avis et vœux, assurent le fonctionnement de la COMUE.
La COMUE est également dotée d'un conseil d'orientation stratégique.
Le président de la COMUE est assisté d'un bureau.
La COMUE comprend des pôles de recherche ainsi qu'un conseil de la politique doctorale.
Les services de la COMUE sont placés sous l'autorité de la direction générale des services.