La commission est saisie soit par le ministre chargé de l'agriculture, soit par le président du conseil d'administration ou du comité directeur de l'organisme dont relève l'agent déféré. Lorsque l'agent en cause est un directeur comptable et financier, la commission peut également être saisie par le ministre chargé du budget.
L'autorité qui saisit la commission doit indiquer les griefs formulés contre l'agent déféré qui ont motivé la saisine de la commission, dans un rapport circonstancié.
Lorsque la commission est saisie par le président du conseil d'administration ou du comité directeur de l'organisme dont relève l'agent déféré, le document susvisé est adressé au chef de la mission nationale de contrôle et d'audit des organismes de sécurité sociale, qui en assure, dans un délai de quinze jours, la transmission au secrétariat de la commission en y joignant son avis motivé ainsi qu'au directeur de l'organisme dont relève l'agent déféré, pour information.