Si elle ne se juge pas suffisamment éclairée sur les faits reprochés à l'intéressé ou les circonstances dans lesquelles ces faits ont été commis, la commission a la faculté d'ordonner un complément d'instruction, et notamment prescrire une enquête, qui peut être confiée soit au chef de la mission nationale de contrôle et d'audit des organismes de sécurité sociale, soit à un agent de l'inspection générale des affaires sociales ; si l'agent en cause est un directeur comptable et financier, l'enquête peut également être confiée au directeur départemental des finances publiques.