Pendant la période durant laquelle il perçoit la prime de commandement et de responsabilité militaire, le personnel concerné ne peut pas bénéficier d'une nouvelle bonification indiciaire.
En outre, la prime ne se cumule pas avec :

- l'indemnité de fonction et de responsabilités des militaires de la gendarmerie nationale prévue par le décret n° 2015-1809 du 28 décembre 2015 ;
- l'indemnité spécifique de haute responsabilité prévue par le décret n° 2018-965 du 8 novembre 2018 ;
- la prime de performance prévue par le décret n° 2021-1703 du 17 décembre 2021.