La sous-direction du dialogue stratégique avec les établissements conduit le dialogue stratégique et de performance avec les établissements d'enseignement supérieur et de recherche et leurs groupements et élabore les contrats pluriannuels de site, en lien avec la direction générale de la recherche et de l'innovation et conjointement avec les autres ministères exerçant la tutelle sur des établissements d'enseignement supérieur et de recherche. Elle définit le cadre juridique d'organisation et de fonctionnement des établissements relevant du ministre chargé de l'enseignement supérieur et veille à sa modernisation.