La sous-direction du budget de la mission recherche et enseignement supérieur coordonne la préparation et la présentation du budget des programmes de la mission interministérielle recherche et enseignement supérieur placés sous la responsabilité du ministre chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche. Elle coordonne, en liaison avec la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle et la direction générale de la recherche et de l'innovation, l'exécution de ce budget ainsi que la rédaction des rapports annuels de performance et des autres documents de suivi de l'exécution budgétaire.

En liaison avec la direction générale de la recherche et de l'innovation, elle est responsable de la programmation budgétaire et du versement des contributions versées aux organisations scientifiques internationales et des transferts et subventions alloués aux organismes de recherche.

Elle en suit la mise en œuvre dans l'ensemble de services centraux du ministère.

Elle expertise la situation budgétaire, financière et comptable des opérateurs de l'enseignement supérieur et de la recherche, en liaison avec les directions de programme.

Elle coordonne l'élaboration des textes relatifs à l'organisation budgétaire, financière et comptable des établissements d'enseignement supérieur et de recherche.

Elle anime, conjointement avec la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle, le réseau des agents, placés auprès des recteurs, chanceliers des universités, pour appuyer ces derniers dans l'exercice de leurs compétences de contrôle budgétaire des établissements d'enseignement supérieur.

Elle coordonne l'exécution des dépenses de personnel pour l'ensemble des programmes de la mission enseignement supérieur et recherche relevant du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche.

Elle assure une fonction d'animation du contrôle interne budgétaire et comptable en direction des opérateurs de l'enseignement supérieur et de la recherche.

Elle assure la maîtrise d'ouvrage des systèmes d'information financière spécifiques au ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche.

Elle traite des questions fiscales concernant les établissements d'enseignement supérieur et de recherche, en relation avec les ministres chargés de l'économie et du budget.