La sous-direction de la préparation, de l'anticipation et de la gestion des crises est chargée de l'élaboration, de l'actualisation, de l'application territoriale et du suivi des plans en matière de sécurité civile afin d'assurer la protection du territoire et des populations face aux différentes menaces et risques.
Elle assure la coordination ministérielle de la planification nucléaire, radiologique, bactériologique, chimique.
Elle concourt à la politique d'information et de sensibilisation des populations aux risques et menaces, élabore et met en œuvre la doctrine de l'alerte.
Elle anime la politique nationale d'exercices et de préparation aux crises et nécessitant une réponse interservices coordonnée, et assure la formation à la gestion des risques et des crises des décideurs ministériels et territoriaux.
Elle assure la coordination et la mise en œuvre de la procédure de reconnaissance de l'état de catastrophe naturelle.