Les exploitants des installations exerçant au moins une des activités énumérées à l'annexe I de la directive 2003/87/ CE modifiée précitée présentent au préfet (direction régionale de l'environnement de l'aménagement et du logement, direction régionale et interdépartementale de l'environnement, de l'aménagement et des transports ou direction de l'environnement de l'aménagement et du logement, inspection des installations classées) une demande d'affectation de quotas pour la période 2013-2020. Cette demande est présentée au plus tard le 1er juillet 2011.
Simultanément à la demande, l'exploitant adresse par voie électronique un questionnaire rempli et un rapport méthodologique contenant une description de l'installation, la méthode de compilation des données, les différentes sources de données, les étapes de calcul et la méthode utilisée pour attribuer les émissions aux différentes sous-installations.