Le collège exerce les missions suivantes :

- il veille à la cohérence méthodologique et déontologique des pratiques professionnelles des inspections générales du ministère ;
- il définit les conditions d'information mutuelle des inspections générales du ministère dans le domaine de l'audit et de l'évaluation, dans le respect des dispositions du code de procédure pénale et de l'instruction interministérielle n° 1300 ;
- il précise les conditions d'accès mutuel des membres des inspections générales du ministère aux formations d'intérêt commun.