Chaque commission paritaire d'établissement élabore son règlement intérieur selon un règlement type établi après avis du comité social d'administration ministériel.

Le secrétariat est assuré par un représentant de l'établissement qui peut n'être pas membre de la commission.

Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.

Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission.