La direction générale de la recherche et de l'innovation comprend, outre le service de la coordination des stratégies de l'enseignement supérieur et de la recherche et la délégation aux affaires européennes et internationales , communs avec la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle, et dont les missions sont respectivement définies aux articles 70 à 73 :
― le service de la stratégie de la recherche et de l'innovation ;
― le service de la performance, du financement et de la contractualisation avec les organismes de recherche ;
― le service de l'innovation, du transfert de technologie et de l'action régionale.

Le directeur général est assisté par deux chefs de services, adjoints au directeur général.