La sous-direction des affaires juridiques de l'enseignement supérieur et de la recherche assure, dans le domaine de l'enseignement supérieur et de la recherche, le traitement des affaires contentieuses et la représentation du ministère devant les juridictions des ordres administratif et judiciaire, les consultations juridiques suscitées par le ministre et son cabinet, ainsi que les fonctions d'information, de conseil et d'expertise juridique auprès des directions, des services déconcentrés et des établissements.

Elle coordonne les travaux de transposition des directives communautaires pour l'ensemble des matières concernant le ministère.