L'agent bénéficiant de prestations matérielles de restauration, d'hébergement et de transport donnant lieu à prise en charge directe par l'administration au sens des dispositions de l'article 5 du décret du 3 juillet 2006 susvisé ne peut pas prétendre à bénéficier des indemnités correspondantes. Dans ce cas, en application des dispositions du 2° de l'article 11-1 du décret du 3 juillet 2006 susvisé, l'agent n'a pas à communiquer les pièces justificatives afférentes dès lors que l'ordre de mission est conforme à la commande effectuée auprès du ou des prestataires de l'administration.

Par ailleurs, l'agent a la faculté de bénéficier des prestations proposées par les différentes structures d'accueil du ministère de la défense. Dans cette hypothèse, l'agent bénéficie des indemnités correspondantes lorsque les prestations matérielles de restauration et d'hébergement ne sont pas gratuites.