L'évaluation de l'expérimentation est réalisée en deux étapes :

- Au plus tard douze mois avant le terme de l'expérimentation, un rapport intermédiaire d'évaluation est remis au ministre chargé de l'emploi ;
- Au terme de l'expérimentation, un rapport final d'évaluation est présenté au ministre chargé de l'emploi en vue de sa transmission au Parlement.

Un comité scientifique est chargé de l'évaluation indépendante de l'expérimentation à laquelle collabore le comité de suivi de l'expérimentation. Le comité scientifique est composé de personnalités reconnues pour leurs compétences académiques et de représentants des services des études et des statistiques des personnes publiques intéressées.
L'évaluation mesure l'impact de l'expérimentation sur l'accès à l'emploi des travailleurs reconnus handicapés, sur les formations suivies, ainsi que les conséquences sur les finances publiques soit :

- par une évaluation contrefactuelle comparant les résultats obtenus au regard de la situation des travailleurs reconnus handicapés non bénéficiaires de l'expérimentation ;
- par une analyse du changement, comprenant une évaluation de mise en œuvre, mesurant la contribution de chaque action aux résultats.

Cette évaluation mobilise les instruments adaptés de nature quantitative ou qualitative et en particulier une analyse de la performance s'appuyant sur les données de suivi mises en œuvre. Elle porte également une attention particulière à la soutenabilité de la généralisation éventuelle de l'expérimentation.
Les rapports d'évaluation comportent notamment les indications suivantes :
1° Les caractéristiques des travailleurs reconnus handicapés embauchés et de leur contrat de travail ;
2° La nature, l'objet et la durée des actions de suivi individualisé et d'accompagnement professionnel de ces bénéficiaires ;
3° Les résultats en termes d'accès et de retour à l'emploi des travailleurs reconnus handicapés qui ne sont plus employés par les entreprises adaptées autorisées à mettre en œuvre l'expérimentation.