Une coordination nationale CLES, dont la direction est confiée à un établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel (EPSCP) sur décision du ministre chargé de l'enseignement supérieur, est responsable du fonctionnement et de l'organisation de la certification sur l'ensemble du territoire.
La coordination nationale assure le suivi et un bilan annuel de la mise en œuvre de la certification.
L'évaluation de la mise en œuvre du CLES par les EPSCP est réalisée dans le cadre de la politique contractuelle des établissements avec l'Etat.
En fonction des conclusions de cette évaluation, la coordination nationale propose toute mesure de nature à améliorer le dispositif, à en favoriser la reconnaissance aux niveaux national et international et à en assurer sa promotion auprès des candidats potentiels et des établissements.