Conformément aux stipulations du contrat doctoral, le président ou le directeur de l'établissement arrête le service du doctorant contractuel chaque année sur proposition du directeur de l'école doctorale, après avis du directeur de thèse et du directeur de l'unité de recherche ou de l'équipe de recherche concernée et avis du doctorant contractuel.

L'exercice des missions complémentaires prévues dans le contrat doctoral peut être reporté, durant l'exécution du contrat, d'une ou deux années, sur demande du doctorant contractuel après avis du directeur de l'école doctorale, du directeur de thèse et du directeur de l'unité de recherche ou de l'équipe de recherche concernée, nonobstant les dispositions du sixième alinéa de l'article 5 du présent décret.